SIMフリー iPhoneのAPNがクリアされる問題ですが、ローミング設定を行うことで解決できたと思っていたら、結局再発しました。

改めて調べるとiPhone設定ユーティリティと言うソフトがAppleより提供されており、iPhoneで利用可能なプロファイルファイルが作成できます。
もちろんAPNの設定も作成できます。

どうやらSIMフリー版は、内部にAPNのデフォルト設定値を持っていないために何かの拍子にデフォルトに戻そうとして設定が消えているようです。　私も良く分からん。

iPhone設定ユーティリティの使い方等は、解説がたくさんあるので検索して下さい。